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Uma Reserva da Biosfera é composta por 3 áreas, com objetivos e características próprias: zonas-núcleo, zonas de amortecimento e zonas de transição.
Zonas-núcleo
São áreas legalmente estabelecidas com o objetivo de proteger paisagens, ecossistemas e espécies. Em alguns locais - como no Pantanal - podem existir várias zonas-núcleo em uma única Reserva. Nestas zonas são proibidas atividades econômicas produtivas; só acontecem atividades de pesquisa, monitoramento e, eventualmente, o manejo sustentável de recursos naturais por comunidades tradicionais. No Pantanal, como nas outras reservas brasileiras, geralmente as zonas-núcleo de Reservas da Biosfera são Parques Públicos (Nacionais, Estaduais, Municipais), Reservas Biológicas (em geral particulares), Estações Ecológicas ou outras Unidades de Conservação.
Zonas de amortecimento
Ficam ao redor das zonas-núcleo. As zonas de amortecimento são como um cinturão que protege as zonas-núcleo. No Pantanal, as atividades produtivas desenvolvidas nestes locais são, predominantemente, pecuária extensiva ou semi-extensiva, turismo, mineração e transporte hidroviário pelo rio Paraguai.
Zonas de transição
Áreas que circundam as zonas de amortecimento, onde são desenvolvidas atividades produtivas. Podem ser áreas rurais e centros urbanos. Mesmo sendo zonas de transição, os impactos ambientais que venham a ocorrer nestas áreas podem afetar as zonas-núcleo.
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