Os espanhóis
O primeiro a aventurar-se na busca pelas riquezas da região pantaneira foi Juan Díaz de Solís, um conceituado cosmógrafo e o primeiro piloto do rei da Espanha, em 1515. Apesar de não alcançar o sucesso almejado, deu início a uma série de expedições em direção à bacia do rio Paraguai.

Foi a partir de janeiro de 1543, por meio do grupo liderado por Domingo Martinez de Irala, que o Pantanal passou a ser mais explorado, tornando-se, cada vez mais, o alvo de europeus que procuravam metais preciosos. No mesmo ano, em novembro, o adelantado Alvar Núñez Cabeza de Vaca assumiu o governo da região, que passou a pertencer oficialmente à Espanha.

Mas à medida que as expedições avançavam além da área inundável da planície, as terras e os rios pantaneiros começaram a perder importância, tanto para os espanhóis, que consideravam a conquista dos antigos impérios do Peru e do México mais lucrativa, quanto para os portugueses, que pouco interesse demonstravam pela área.

Só depois de algumas décadas, em 1593, é que foi fundada a primeira cidade pantaneira, Santiago de Jerez. Reconhecendo a beleza e fartura de recursos da região do Itatim, a Coroa da Espanha e Castela iniciou a colonização da região.

Infelizmente, o núcleo não prosperou: a inexistência de um comércio regular, a dificuldade de se comunicar com Assunção e os constantes ataques de alguns povos indígenas foram os principais responsáveis pelas condições precárias da cidade. Assim, Santiago acabou sendo despovoada, a pedido do próprio governo de Assunção, e, em 1632, foi tomada pelos bandeirantes.

Por coincidência, foi neste mesmo ano que as primeiras missões jesuítas - agrupamentos religiosos que visavam a catequização e educação dos índios para fazê-los produtivos para a sociedade colonial - foram estabelecidas na área pantaneira de Itatim.


Os bandeirantes
Em meados do século XVII, no entanto, os bandeirantes paulistas, que se dirigiam em busca de mão-de-obra escrava indígena e metais preciosos, começaram a penetrar na região, invadindo e atacando essas missões.

Mas foi a força dos índios Guaikurús (responsáveis pelo domínio de grande parte do território pantaneiro por mais de um século) que acabou dificultando o percurso das Bandeiras, excursões patrocinadas por fazendeiros paulistas ou aventureiros que costumavam sair de São Paulo.

A colonização portuguesa do Mato Grosso só teve início em 1719, por meio da Bandeira chefiada por Pascoal Moreira Cabral, fato que marcou o redesenho do mapa do Brasil, já que as terras pantaneiras, aos poucos, deixavam de pertencer aos espanhóis.

Após novos acordos entre Portugal e Espanha para redefinir a divisão das terras, ficou acertado que cada um teria posse daqueles territórios que estivessem efetivamente ocupados, desde que essa ocupação pudesse ser comprovada.

Como a extensão do território pantaneiro prejudicava aos portugueses comprovarem sua presença na região, a ocupação do interior passou a ser estimulada cada vez mais pela Coroa, criando inúmeros povoados, dedicados ao plantio da cana e à pecuária.

As águas e terras da bacia do alto rio Paraguai com o Pantanal tornaram-se território oficial português somente em 1800, quando as fronteiras estavam praticamente demarcadas.