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É possível identificar 12 sub-regiões dentro do Pantanal, dependendo do solo, da vegetação, do relevo e do regime hidrológico:
Cáceres
Considerada um importante pólo de comércio no Mercosul.
Poconé
Região importante para a criação de gado; apresenta solos argilosos e vegetação de cerrado.
Barão de Melgaço
Região importante para a criação de gado; apresenta solos argilosos e vegetação de cerrado.
Paiaguás
Importante para a pecuária, é uma região de solos arenosos e de vegetação de cerrado.
Nhecolândia
Importante para a pecuária, é uma região de solos arenosos e de vegetação de cerrado, com a ocorrência de baías e salinas.
Amolar
Importante região para o desenvolvimento do ecoturismo e da pesca.
Jacadigo
Região típica de morrarias e lagoas.
Rio Negro
Região predominantemente urbana (colonização japonesa).
Abobral
Região pequena e caracterizada pelo regime hídrico a que está submetida, sob a influência do rio de mesmo nome.
Bodoquena
Região de floresta, possui uma extensa área rural e um grande potencial ecoturístico.
Nabileque
A região que tem os melhores solos do Pantanal e está sujeita à inundação do rio Paraguai em sua maior parte.
Porto Murtinho
Caracteriza-se por apresentar elementos da vegetação do Chaco.
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