É possível identificar 12 sub-regiões dentro do Pantanal, dependendo do solo, da vegetação, do relevo e do regime hidrológico:

Cáceres
Considerada um importante pólo de comércio no Mercosul.

Poconé
Região importante para a criação de gado; apresenta solos argilosos e vegetação de cerrado.

Barão de Melgaço
Região importante para a criação de gado; apresenta solos argilosos e vegetação de cerrado.

Paiaguás
Importante para a pecuária, é uma região de solos arenosos e de vegetação de cerrado.

Nhecolândia
Importante para a pecuária, é uma região de solos arenosos e de vegetação de cerrado, com a ocorrência de baías e salinas.

Amolar
Importante região para o desenvolvimento do ecoturismo e da pesca.

Jacadigo
Região típica de morrarias e lagoas.

Rio Negro
Região predominantemente urbana (colonização japonesa).

Abobral
Região pequena e caracterizada pelo regime hídrico a que está submetida, sob a influência do rio de mesmo nome.

Bodoquena
Região de floresta, possui uma extensa área rural e um grande potencial ecoturístico.

Nabileque
A região que tem os melhores solos do Pantanal e está sujeita à inundação do rio Paraguai em sua maior parte.

Porto Murtinho
Caracteriza-se por apresentar elementos da vegetação do Chaco.