No Pantanal encontram-se quatro biomas, com espécies de animais e vegetais em cada um deles.

Floresta Amazônica
A Amazônia ocupa mais de 50% do território brasileiro e caracteriza-se pela grandiosidade que ostenta em todos os sentidos. A formação de sua bacia é parecida com a do Pantanal; ambas são bacias sedimentares, formadas pelo levantamento dos Andes.

O Pantanal tem espécies como a vitória-régia, o cambará, a almécega e o pateiro, provenientes deste bioma.

Cerrado do Brasil
O bioma que exerce maior influência sobre o Pantanal. Possui fisionomias diversificadas:

- campo limpo;
- campo sujo;
- cerrado;
- cerradão.

O cerrado ocupa praticamente um quarto do Brasil. Sua vegetação é do tipo savana e, deste bioma, encontramos no Pantanal plantas como o pequi, a lixeira, o jatobá e outras.

Mata Atlântica
Hoje possui não mais do que 5% de sua cobertura original. Deste bioma, encontramos no Pantanal espécies como a peroba-rosa, o guanandi, a piúva-da-mata e a timbaúva.

Chaco
Grande região situada ao sul-sudoeste do Pantanal, é uma planície aluvial baixa, quente e úmida, sujeita à inundação durante o verão; porém também árida e quase semidesértica. Sua vegetação é arbustiva, espessa, seca, espinhosa e quase impossível de penetrar. Aqui estão alguns exemplos do complexo de ecossistemas do Pantanal:


Ecossistemas
Baías
Lagoas de água doce, de tamanho e forma variados, quase sempre cobertas por vegetação aquática.

Salinas
Lagoas de água salobra, sem vegetação aquática, circundadas por carandás.

Corixos
Pequenos riachos, intermitentes ou não.

Vazantes
Canais naturais de drenagem.

Cordilheiras
Elevações de 3 a 4 metros de altura, que a água nunca atinge; são cobertas por vegetação florestal.

Cerrados
Vegetação do tipo savana, formada por estrato arbustivo, com predomínio de gramíneas e um estrato constituído por árvores e arbustos baixos, retorcidos, com casca espessa sobre um solo ácido, quimicamente pobre, rico em alumínio.

Cerradões
Semelhantes aos cerrados, porém mais densos e de porte florestal.

Capões
Ilhas de vegetação arbórea, cercadas por campos inundáveis.

Matas ciliares
Vegetação presente às margens dos rios.

Ninhais
Local de reprodução das aves: onde elas fazem os ninhos e seus filhotes são criados.