As plantas terrestres (ervas, arbustos etc) sustentam a fauna herbívora e, indiretamente, a fauna carnívora. Já as plantas aquáticas filtram a água e são importantes na cadeia alimentar do ecossistema aquático. Servem de alimento para insetos e caramujos e, depois, para peixes e aves.

Por ser a base de toda a cadeia alimentar, a flora do Pantanal é tão importante ecologicamente e deve ser conservada com muito cuidado.

Flora e fauna são dependentes entre si: a primeira fornece alimento para a segunda, que, por sua vez, exerce um importante papel na procriação da flora.