A fauna também é afetada pela variação de cheias e secas. Portanto, dependo do período, algumas espécies de animais são beneficiadas em detrimento de outras.

Espécies beneficiadas durante períodos mais secos
As que ocorrem no cerrado brasileiro, como o lobo-guará, tatu, veado-campeiro, tamanduá-bandeira, perdizes, emas, tuiuiús etc.

Espécies beneficiadas durante períodos mais alagados
As que que dependem de áreas inundadas, como as capivaras, jacarés-do-pantanal e cervos-do-pantanal.