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O funcionamento do complexo de ecossistemas pantaneiros depende muito do regime de águas, modificando a paisagem. De acordo com o regime, veremos, abaixo, alguns ecossistemas que estão presentes ou não no Pantanal:
- Poços
Em alguns lugares há a formação de poços mais profundos, que chegam a ter até quatro metros de profundidade. Esses poços não secam mesmo no período de secas.
- Corixos
Canais naturais que só recebem água durante as grandes cheias e ligam as baías entre si. Também são chamados de corixas, corixinhas ou corixões. Ajudam a escoar as águas das lagoas, que vão em direção aos rios. Em épocas de grandes chuvas isto se inverte: as águas saem dos rios e vão para as lagoas.
- Baías
Lagoas de água doce. Rasas, geralmente têm apenas dois metros de profundidade. As mais conhecidas são as de Cáceres, Mandioré, Gaiva e Chacororé, que abrigam diversas espécies da fauna pantaneira.
- Salinas
Lagoas de água salobra. Exibem o espelho d'água circundado por areia branca e carandás. Quando as águas baixam, são circundadas por areias brancas, assemelhando-se às praias.
Nas salinas a maior parte da vegetação é submersa, com algumas exceções. Suas águas são ricas em larvas de insetos, algas e pequenos crustáceos: os alimentos prediletos de certas aves. Há, inclusive, uma espécie de maçarico que migra do Canadá, fugindo do seu inverno rigoroso, atraída por esse tipo de alimentação.
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